根據工作職責，中共云南省委臺灣工作辦公室、云南省人民政府臺灣事務(wù)辦公室內設6個(gè)職能處室和機關(guān)黨委(人事處)，主管一個(gè)社團組織。分別是秘書(shū)綜合處、聯(lián)絡(luò )交流處、經(jīng)濟合作處、宣傳研究處(新聞處)、投訴法規處、政黨港澳處、機關(guān)黨委(人事處)，云南省海峽兩岸交流促進(jìn)會(huì )。

　　1.秘書(shū)綜合處：負責協(xié)調機關(guān)日常工作;承辦文電、秘書(shū)、會(huì )議、通信工作;負責機要、檔案、報刊、雜志、圖書(shū)資料工作;負責機關(guān)行政管理、物品采購、政務(wù)網(wǎng)絡(luò )、綜合考評工作;負責機關(guān)財務(wù)、房產(chǎn)、基本建設、物資設備、環(huán)境秩序管理及后勤服務(wù)的規劃、協(xié)調與監督工作;負責住房公積金、職業(yè)年金、醫療保險、工傷保險管理工作;負責聯(lián)系臺盟臺聯(lián)等民主黨派工作;承辦重要活動(dòng)會(huì )務(wù)、接待工作，負責赴臺審批管理工作，聯(lián)系各地各部門(mén)涉臺機構;負責省委臺辦保密和信息公開(kāi)審查領(lǐng)導小組辦公室工作;負責省委臺辦國家安全工作領(lǐng)導小組辦公室工作;負責省委臺辦政務(wù)公開(kāi)工作領(lǐng)導小組辦公室工作。

　　2.聯(lián)絡(luò )交流處：負責對臺有關(guān)政黨和團體等聯(lián)絡(luò )工作;承擔臺灣重要團組和人士來(lái)訪(fǎng)等接待工作;指導協(xié)調有關(guān)部門(mén)和州市臺辦對臺聯(lián)絡(luò )工作;負責組織、指導、管理、協(xié)調云臺兩地文化、教育、科技、體育、衛生、社科、民政、民族、宗教、學(xué)術(shù)、工會(huì )、青年、婦女、基層等交流研討工作;負責我省省級領(lǐng)導赴臺參訪(fǎng)與臺重要人士聯(lián)絡(luò )有關(guān)工作;負責重要赴臺活動(dòng)的籌備、策劃、指導、協(xié)調服務(wù)等工作;負責籌劃和審批我省各地各單位年度赴臺計劃，辦理或協(xié)助辦理我省文化、教育、科技、衛生、工青婦等領(lǐng)域應邀赴臺交流立項、報批和行前指導等工作;負責海峽兩岸交流基地的申報及管理工作;負責臺胞來(lái)滇求學(xué)及臺商臺胞子女上學(xué)的政策咨詢(xún)與協(xié)調服務(wù)工作。

　　3.經(jīng)濟合作處：組織協(xié)調重要臺商的投資活動(dòng)，協(xié)調對接有關(guān)部門(mén)做好中央和我省對臺經(jīng)貿政策的貫徹落實(shí)工作;協(xié)助做好臺商投資的洽談、簽約等工作;負責辦理本省應邀赴臺經(jīng)貿及農業(yè)交流和非公企業(yè)人員應邀赴臺交流的報批和行前指導等工作;指導管理臺資企業(yè)協(xié)會(huì )，負責對臺資企業(yè)的政策指導及服務(wù)工作;負責省委臺辦全面深化改革領(lǐng)導小組辦公室工作。

　　4.宣傳研究處(新聞處)：負責涉臺新聞工作的組織、指導、管理、協(xié)調;負責臺灣記者來(lái)云南采訪(fǎng)及新聞交流合作的管理規劃;負責臺灣媒體、網(wǎng)絡(luò )、影視等方面的團體及人士來(lái)滇交流的組織、協(xié)調和接待工作;負責指導基層臺辦、相關(guān)部門(mén)的涉臺教育工作;負責本辦的新聞發(fā)布工作;負責對臺宣傳新聞稿件、圖片、音像制品、涉臺影視劇等的審查工作;負責辦理本省應邀赴臺媒體、網(wǎng)絡(luò )、影視等人員應邀赴臺交流的報批和行前指導等工作;圍繞我省涉臺事務(wù)中的重要問(wèn)題開(kāi)展調查研究，提出對策、意見(jiàn)和建議;負責組織與開(kāi)展臺情研究，協(xié)調組織相關(guān)單位和機構開(kāi)展涉臺調研工作;負責省委臺辦意識形態(tài)工作領(lǐng)導小組辦公室工作;負責省委臺辦網(wǎng)絡(luò )安全和信息化領(lǐng)導小組辦公室工作。

　　5.投訴法規處：負責協(xié)調處理臺胞臺企投訴、糾紛案件;指導、協(xié)調、檢查州市臺辦臺胞臺企投訴案件處理工作;受理臺胞、臺屬的來(lái)信來(lái)訪(fǎng)工作和兩岸交流交往中的臺胞投訴工作;指導協(xié)調有關(guān)部門(mén)處理兩岸人員往來(lái)中發(fā)生的突發(fā)性問(wèn)題;開(kāi)展法規研究工作，指導協(xié)調涉臺法律事務(wù)工作，為臺胞臺屬臺企提供政策和法律咨詢(xún)服務(wù);牽頭協(xié)調省臺辦法治建設工作;牽頭防范和處理涉臺“法輪功”及其他邪教問(wèn)題;牽頭防范和處理涉臺電信詐騙問(wèn)題；負責省委臺辦法治建設領(lǐng)導小組辦公室工作;負責省委臺平安建設領(lǐng)導小組辦公室工作。

　　6.政黨港澳處：組織開(kāi)展云臺政黨交流及境外對臺交流工作;負責開(kāi)展對臺灣政黨、政治團體的研究工作;協(xié)同有關(guān)部門(mén)處理香港特別行政區、澳門(mén)特別行政區涉臺工作中有關(guān)事務(wù)。

　　7.機關(guān)黨委(人事處)：負責機關(guān)黨建、組織人事、黨風(fēng)廉政、紀檢監察工作;負責機關(guān)精神文明建設，以及工會(huì )、青年、婦女等工作;負責機關(guān)人員的考核獎懲、任免、調配、勞資、培訓教育、人員編制等工作;負責牽頭組織辦務(wù)會(huì )理論學(xué)習中心組學(xué)習研討工作;負責省委臺辦老干部工作領(lǐng)導小組辦公室工作;負責省委臺辦扶貧攻堅工作領(lǐng)導小組辦公室及掛鉤扶貧點(diǎn)的日常聯(lián)系協(xié)調工作;負責本辦外事工作歸口管理(含離退休干部)，辦理出國(境)報批、政治審查、護照、簽證工作及有關(guān)管理工作。

　　8.云南省海峽兩岸交流促進(jìn)會(huì )：組織開(kāi)展海峽兩岸間經(jīng)濟、科技、文化、教育、體育、衛生、新聞、出版、廣播影視、農業(yè)、交通、法律、宗教、民間信仰、社會(huì )科學(xué)等方面的交流與合作;組織、協(xié)助云南省團組赴臺考察交流；邀請臺灣各界人士和民間團體到云南省考察交流;負責云南在臺同鄉會(huì )、校友會(huì )、宗親會(huì )及臺灣其它民間團體的聯(lián)系，組織開(kāi)展各方面的民間交流交往活動(dòng);負責聯(lián)絡(luò )臺胞臺屬臺商;開(kāi)展涉臺事務(wù)的宣傳和培訓;提供兩岸經(jīng)濟文化發(fā)展信息及涉臺事務(wù)的咨詢(xún)和服務(wù)工作。